各级劳动和社会保障部门在定点医疗机构管理中承担不同的职责。从纵向上说，国家、省、统筹地区劳动和社会保障部门的职责划分：一是劳动和社会保障部会同财政、卫生等部门组织制定《城镇职工基本医疗保险定点医疗机构管理暂行办法》；二是各省劳动和社会保障行政部门根据《城镇职工基本医疗保险定点医疗机构管理暂行办法》，组织卫生等有关部门制定具体的实施意见；三是统筹地区劳动和社会保障行政部门要制定参保人员在不同等级定点医疗机构就医的转诊、转院管理办法。从横向上说，统筹地区劳动和社会保障行政部门与社会保险经办机构的职责划分：一是在定点医疗机构审查、确定上实行政事分开。即统筹地区劳动和社会保障行政部门负责医疗机构定点资格的审定；社会保险经办机构则负责在取得定点资格的医疗机构范围内，根据参保人员的选择意向统筹确定具体的定点医疗机构。二是在定点医疗机构管理与监督上行政与经办机构职责侧重不同。劳动和社会保障行政部门主要是要发挥卫生、物价等部门积极性，加强对定点医疗机构的监督管理；社会保险经办机构主要是通过与定点医疗机构签订协议，规范对定点医疗机构的管理。
