由于医疗费用支付在医疗保险中的重要性，在医疗保险机构中有专门的部门和人员承担支付和审核工作。例如，由医疗服务管理处具体组织支付的审核与鉴定。在与医疗保险机构签有合同的医疗部门，常设有专门的医疗保险窗口，由医疗部门或保险机构派人负责日常处方检查和治疗项目的检查、审批。支付审核的工作人员，应由熟悉医疗保险制度、医疗服务价格与医疗保险财务的人员参加，保险机构的医疗保险医生，是在审核中对医疗技术上进行评价、审批的主要责任人。
由于医疗服务技术的科学性和复杂性，在支付审核过程往往还必须依靠一些专门的组织协助进行。对于一些复杂的医疗方案的审核，往往需要听取专门的医疗技术专家评审委员会的意见，例如“器官移植”确定和“排队”问题。对于医疗质量的评审，一般通过由卫生、劳动、医药、工会、医疗保险机构等有关部门和单位的代表参加的医疗服务质量考核小组的考核进行。
